叶剑英当晚悄悄向吕黎平要来一份在包座战斗中缴获的十万分之一甘肃省全图，以漆黑的夜色为掩护，牵出黑骡子，率领军委二局等直属单位，借“打粮准备南下”的名义，直奔红三军军部。彭德怀正为与陈昌浩住在一处的叶剑英担心，怕他脱不了身。只见叶剑英“率二局（局长曾希圣）连地图都拿来了”，毛泽东非常高兴地说：“剑英同志，你出来了，好！好！现在情况紧急，我们不能在此停留，应立即向俄界前进，与一军会合。”毛泽东后来把叶剑英在关键时刻的表现称赞为“诸葛一生唯谨慎，吕端大事不糊涂”。
中央组织部部长李维汉负责中央机关和总政治部出发的组织工作。张闻天要李维汉把党中央机关、政府机关、总政治部等单位在次日凌晨从班佑带到巴西，会同党中央一同北上，并叮嘱他对上述决定要绝对保守秘密。李维汉立即通知凯丰（负责党中央机关）、林伯渠（与曹菊如共同负责政府机关）、杨尚昆（负责总政治部），叫他们第二天凌晨组织部队行动，对下只说到黑水打粮，叫各单位负责人准备好。当天晚上，李维汉悄悄跑到街上，向四周察看了一下，确认没有人发现中央机关北上的意图，红四方面军的同志也没有丝毫察觉，才放了心。
9月10日凌晨，李维汉亲自站在路口指挥，党中央机关和总政治部陆续出发，唯有中央政府机关因辎重多还没有走出来。李维汉立即跑回政府机关驻地吩咐他们扔掉不必要的东西，马上出发。这样，政府机关也很快出发了。
从睡梦中惊醒的人们在茫茫的黑夜里懵懵懂懂地朝前走。
队伍里有人发出声：“出什么事啦？黑灯瞎火的到哪儿去啊？”
“一个都不要问，跟我走！”凯丰厉声说道。
他们一口气急行军10来里路，只见一群黑影向他们跑来，走近一看是张闻天等骑着马来了。
张闻天急匆匆地说：现在张国焘要搞分裂。我们不得不离开这里，我们当然还是要想办法争取不分裂，但是，现在情况非常紧急，三十军发现我们突然行动，李特带了队伍来追，部队在那边山头顶着，你们赶快往北边走吧！
凌晨3时许，由毛泽东、周恩来亲笔署名要红军大学立即向北出发的命令送到了红军大学。红军大学是红一、四方面军会师后，由军委干部团与红四方面军军事学校合编的，校政委何畏，教育长李特，都是张国焘的积极追随者；政治部主任刘少奇、党总支书记莫文骅临时主持政治部工作。特科团的干部由红一方面军干部团的成员担任，团长是韦国清，政委是宋任穷。特科团的学员主要来自红四方面军。特科团的干部早就对张国焘的分裂行径憋了一肚子气，强烈要求执行中央北上方针，反对南下方针。团政委宋任穷曾对总政治部代主任李富春和红军大学政治部主任刘少奇表示：“北上一定要把我们红军学校特科团带上，否则，我们开小差也要北上，那时候可不要因为开小差而开除我们的党籍。”
接到出发的命令后，韦国清、宋任穷立即集合全体特科团干部、学员准备出发。行前韦、宋向大家简要说明了当前面临的情况：现在2个方针，一个是向甘肃、陕北上，一个是回头过去向南，再一次过草地，大家看怎么办？又说：北上是中央的方针，南下不是中央的方针，愿意北上的跟我们走，不愿北上的可以留下。结果，红军大学的全体成员都出发北上了，只有何畏借口找军委谈谈，溜到陈晶浩那里去了。
李德虽然一直对毛泽东不服气，但在北进的途中，他与特科团同行。路上，他对宋任穷说：“我同你们中央一直有分歧，但在张国焘分裂的问题上，我拥护你们中央的主张。”
为了向全党说明中央决定率红一、三军单独北上的原因，毛泽东在行前连夜起草了《共产党中央为执行北上方针告同志书》，以沉重的心情写道，“只有中央的战略方针是唯一正确的，中央反对南下，主张北上”，“南下的出路在那里？南下是草地，雪山，老林，南下人口稀少，粮食缺乏，南下是少数民族的地区，红军只有减员，没有补充，敌人在那里的堡垒线已经完成，我们无法突破，南下不能到四川去，南下只能到西藏，西康，南下只能是挨冻挨饿，白白的牺牲生命，对革命没有一点利益，对于红军南下是没有出路的。南下是绝路”。最后，号召红军指战员“坚决拥护中央的战略方针，迅速北上，创造川陕甘新苏区去”。
这份重要文件起草完，即刻印发。随后，毛泽东踏上北上征程。
这是一个阴沉、漆黑的夜晚。厚厚的云层时不时将月亮挡住，路边的小树在风中摇曳。毛泽东疾步前进，心情十分紧张而沉重，暗想：好端端的红军就这样被张国焘分裂了，谁知今晚的非常行动又会是怎样的结果呢？
为了预防万一，毛泽东指示彭德怀以红三军在山上布置警戒，担任后卫，彭德怀又以红十团为后卫。毛泽东与彭德怀随红十团断后，相机处理可能发生的意外。
寂静的夜晚，只能听见沙沙的脚步移动声。走着走着，远处渐渐响起了追赶的马蹄声。彭德怀焦急地问毛泽东：“如果他们追上来扣留我们怎么办？”
毛泽东停顿了一下，回答说：“那就没法子了，只好一起跟他们南进。他们总会觉悟的。”
毛泽东清醒地知道，兵力对比悬殊，不能打。即使兵力相当也不能打，因为同是红军呀！更何况还要争取那几万红四方面军的人呢！
清晨，徐向前刚刚起床，底下就来报告，说叶剑英同志不见了，指挥部的军用地图也不见了。徐向前和陈昌浩大吃一惊。
正负伤养病的红军大学政委何畏，坐着担架也来到前敌指挥部问陈昌浩：是不是有命令叫走？
陈昌浩一听急了：“我们没有下命令，赶紧叫他们回来！”
发生了如此重大的意外事件，徐向前愣了神，坐在床板上，半个钟头说不出话来。他感到心情沉重，很受刺激，脑袋一阵麻木。
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